当玻璃仪器上粘结了特殊的污垢，用一般的洗涤方法难以除去时，应先分辨出污垢的性质，然后有针对性地进行处理。

对于不溶于水的酸性污垢，如有机酸、酚类沉积物等，可用碱液浸泡后清洗;对于不溶于水的碱性污垢，如金属氧化物、水垢等，可用盐酸浸泡后清洗;如果是高锰酸钾沉积物，可用亚硫酸钠或草酸溶液清洗;二氧化锰沉积物可用浓盐酸使其溶解;沾有碘时，可用碘化钾溶液浸泡;硝酸银污迹可用硫代硫酸钠溶液浸泡后清洗;银镜（或铜镜）反应后的银（或铜），加入稀硝酸微热后即可溶解;焦油或树脂状污垢，可用苯、酯类等有机溶剂浸溶后再用普通方法清洗。对于用上述方法都不能洗净的玻璃仪器，可用稀的氢氟酸浸润污垢边缘，污垢就会随着被蚀掉的玻璃薄层脱落，然后用清水清洗。而玻璃仪器虽然受到腐蚀，但损伤很小，一般不影响继续使用。