恒温水浴槽的水循环使用操作简单，但是定期的维护保养工作是不能忽略的，越简单易懂的东西越要多加注意。很多看似为故障的问题，其实就是没有定期做维护保养引起的。水循环本身的电功率和制冷剂从负载中带走的热量都需要从前通风罩处的散热器中排除，如果前通风罩吸满灰尘和柳棉等久会妨碍这些热量的散发，制冷效果将大幅度的降低，如果得不到清除，容易因电热无法散发导致仪器烧坏。一般来说在正常的使用条件下制冷量降低都是因为通风散热效果差或者环境温度太高引起的。
前面提到的恒温水浴槽水循环维护的必要性，这个问题也息息相关。*，水里面有很少部分的杂质，就是蒸馏水在加到水箱后也不可能*保证一点杂质都没有。对于水循环来说，一般温度都设置在20℃，特别适应微生物的生长和繁衍。时间长了以后这些微生物就会堵塞水路的过滤器造成回水不畅，水泵就会有较大的噪音。
有时这些微生物附在了换热器的表面，造成换热器的传热效果变差，制冷量变小。所以一定要严格按照说明书中的要求做好日常维护工作，定时清洗内槽，长期停用，保持恒温水浴槽内干燥。