生物安全柜可分为一级、二级和三级三大类以满足不同的生物研究和防疫要求。一级生物安全柜可保护工作人员和环境而不保护样品。气流原理和实验室通风橱一样，不同之处在于排气口安装有HEPA 过滤器。所有类型的生物安全柜都在排气和进气口使用HEPA过滤器。一级生物安全柜本身无风机，依赖外接通风管中的风机带动气流，由于不能保护柜内样品，目前已较少使用。

二级生物安全柜是目前应用的柜型。按照NSF49的中的规定，二级生物安全柜依照入口气流风速、排气方式和循环方式可分为4个级别：A1，A2原B3,B1和B2。所有的二级生物安全柜都可提供工作人员、环境和样品的保护。

A1型安全柜前窗气流速度zui小量或测量平均值应至少为0.38m/s。70%气体通过HEPA过滤器再循环至工作区，30%的气体通过排气口过滤排除。

A2型安全柜前窗气流速度zui小量或测量平均值应至少为0.5m/s。70%气体通过HEPA过滤器再循环至工作区，30%的气体通过排气口过滤排除。

二级B型生物安全柜均为连接排气系统的安全柜。连接安全柜排气导管的风机连接紧急供应电源，目的在断电下仍可保持安全柜负压，以免危险气体泄漏入实验室。其前窗气流速度zui小量或测量平均值应至少为0.5m/s100fpm 。B1型70%气体通过排气口HEPA过滤器排除，30%的气体通过供气口HEPA过滤器再循环至工作区。B2型为100%全排型安全柜，无内部循环气流，可同时提供生物性和化学性的安全控制。

三级生物安全柜是为4级实验室生物安全等级而设计的，柜体*气密，工作人员通过连接在柜体的手套进行操作，俗称手套箱Golvebox ，试验品通过双门的传递箱进出安全柜以确保不受污染，适用于高风险的生物试验。